有沒有辦法通過重新格式化來總結(jié)數(shù)據(jù)?

我正在嘗試將下表中的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為另一個(gè)匯總數(shù)據(jù)。

我正在尋找如下表所示的輸出。在某些示例中,存在缺失/空的數(shù)據(jù),因此應(yīng)該用0(零)填充。解決這個(gè)問題的任何類型的提示在Linux/R或Python中都是有用的。

? 最佳回答:

使用Rtidyr::pivot_wider,假設(shè)數(shù)據(jù)幀df1中的數(shù)據(jù):

library(tidyr)
df1 %>% 
  pivot_wider(names_from = "Sample", 
              values_from = "No. of Reads", 
              values_fill = 0)

Result:

# A tibble: 4 x 8
  Position Reference Alternate    P6    P7    P8   P98  P114
     <int> <chr>     <chr>     <int> <int> <int> <int> <int>
1 10017884 C         G             2     1     0     0     0
2 10017884 C         A             0     0     7     0     0
3 10017884 C         T,A           0     0     0     4     0
4 10020433 A         C             0     0     0     4     1

Data:

df1 <- read.table(text = "Sample    Position    Reference   Alternate   'No. of Reads'
P6  10017884    C   G   2
P7  10017884    C   G   1
P8  10017884    C   A   7
P98 10017884    C   T,A 4
P114    10020433    A   C   1
P98 10020433    A   C   4", header = TRUE, check.names = FALSE)
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